Das Lotsenwesen war und ist eine wichtige Voraussetzung für die ordnungsgemäße und sichere Bewegung von Seeschiffen auf See, Kanälen, Flüssen und in Häfen. Es ist daher auch genau so alt wie die Schifffahrt selbst.
Immer fanden sich ortskundige Personen, die den fremden Schiffen den Weg zu ihrem Bestimmungshafen gewiesen haben. Schon im 14. Jahrhundert waren auf der Elbe ortskundige Fischer als Seelotsen tätig. Man nannte sie "Loots" oder "Piloten".
Die ersten drei "Hafenlotsen" - 1858
Die älteste deutsche Lotsregelung ist die "Hamburger Pilotageordnung" von 1656, die für Lotsen bereits eine staatliche Zulassung vorschreibt. Am 29. April 1858 stellte die Stadt Hamburg die ersten drei "Hafen-Lootsen" auf Grund eines Bürgerschaftsbeschlusses ein.
1889 gab es bereits zwölf Hafenlotsen. Sie hatten ihre Dienststelle in einem Wachlokal bei St. Pauli am "Jonas".
Im Jahre 1902 wurde die auf dem Lotsenhöft, auf dem heutigen Gelände der Werft
Blohm + Voss, eigens zu diesem Zwecke gebaute erste Hamburgische Hafenlotsenstation bezogen. Schon ein Jahrzehnt später entsprach diese Station nicht mehr den Anforderungen und man begann abermals mit der Planung einer noch weiter westlich gelegenen Hafenlotsenstation. Sie wurde zwar bereits 1914 fertiggestellt, jedoch erst 1925 zogen die Hafenlotsen in das jetzige Gebäude auf dem Seemannshöft um.
Bis 1981 waren die Hamburger Hafenlotsen Bedienstete der Freien und Hansestadt Hamburg.
Am 1. Juli 1981 wurde nach dem Vorbild der Seelotsen mit Unterstützung des Senats und der Hafenwirtschaft nach einem Beschluss der Hamburger Bürgerschaft die Hafenlotsenbrüderschaft Hamburg gegründet. Grundlage bildet das Hamburger Hafenlotsgesetz.